Les bactéries sont des microorganismes procaryotes dépourvus de noyau mais possédant un chromosome (ADN). Elles ont une taille d'environ 1 micron. Elles se divisent par scissiparité de manière autonome et ont un temps de doublement variables (Escherichia coli est la bactérie qui se divise le plus vite avec un temps de doublement de 20 mn).
La plupart des bactéries peuvent être colorées par la coloration de Gram qui différencie les bactéries à Gram négatif (coloration rose) des bactéries à Gram positif (coloration bleue – violette). La différence entre les bactéries à Gram négatif et les bactéries à Gram positif est la membrane externe qui n'existe que chez les premières. Le passage des substances et des antibiotiques à travers cette membrane externe se fait par des pores membranaires appelés porines. Une autre différence est la paroi plus épaisse des bactéries à Gram positif.